3 คะแนน โดย GN⁺ 2025-06-04 | 1 ความคิดเห็น | แชร์ทาง WhatsApp
  • งานวิจัยที่ฝึก Transformer ด้วยข้อมูลเอนไซม์ 22 ล้านรายการเพื่อทำนายหน้าที่ของเอนไซม์ที่ยังไม่ทราบ 450 รายการ ได้ตีพิมพ์ใน Nature Communications และได้รับความสนใจติด 5% แรกของ Altmetric แต่ preprint ฉบับต่อมาที่ตรวจสอบข้อผิดพลาดในวงกว้างกลับได้รับความสนใจน้อยกว่ามาก
  • การทำนายหน้าที่ของเอนไซม์อาจดูเหมือนเป็นปัญหาการทาย หมายเลข EC จากลำดับกรดอะมิโน แต่การตัดสินจริงต้องอาศัยหลักฐานทางชีววิทยา เช่น ความคล้ายคลึงเชิงโครงสร้าง บริบทรอบยีน การ dock ของซับสเตรต และการปรากฏร่วมกันในเส้นทางเมแทบอลิซึม
  • จากการทำนาย “novel” 450 รายการ มี 135 รายการอยู่ใน UniProt อยู่แล้ว และ 148 รายการแสดงรูปแบบที่แปลกในเชิงชีววิทยา เช่น หน้าที่ที่จำเพาะมากแบบเดียวกันถูกทำซ้ำสูงสุด 12 ครั้ง
  • กรณี yciO แสดงให้เห็นว่าประสิทธิภาพบนชุดทดสอบและ การตรวจสอบแบบ in vitro เพียงไม่กี่รายการยังไม่เพียงพอ; yciO คล้าย TsaC ในเชิงโครงสร้าง แต่งานวิจัยเดิมและความแตกต่างของ activity ของเอนไซม์ชี้ว่าไม่ได้ทำหน้าที่หลักเดียวกัน
  • โมเดลแบบ supervised learning อาจมีประโยชน์ในการกระจาย label หน้าที่ที่รู้แล้วไปยังกลุ่มหน้าที่เดียวกัน แต่มีข้อจำกัดในการค้นพบ หน้าที่ที่ไม่ทราบจริง ๆ และ label ที่ผิดอาจแพร่ต่อไปผ่านฐานข้อมูลอย่าง UniProt ไปสู่การฝึกโมเดลรุ่นถัด ๆ ไป

ความต่างระหว่างบทความทำนายเอนไซม์ด้วย AI กับการตรวจสอบติดตามผล

  • งานวิจัยต้นฉบับฝึกและประเมิน โมเดลที่ใช้ Transformer ด้วยชุดข้อมูลที่มีเอนไซม์ 22 ล้านรายการและหมายเลข EC จากนั้นทำนายหน้าที่ของเอนไซม์ราว 450 รายการที่ยังไม่ทราบหน้าที่
  • ได้ตีพิมพ์ใน Functional annotation of enzyme-encoding genes using deep learning with transformer layers | Nature Communications และมียอดเข้าชม 22,000 ครั้ง รวมถึงได้รับความสนใจติด 5% แรกของผลงานวิจัยทั้งหมดตามเกณฑ์ Altmetric
  • บทความตรวจสอบติดตามผล Limitations of Current Machine-Learning Models in Predicting Enzymatic Functions for Uncharacterized Proteins | bioRxiv พบข้อผิดพลาดร้ายแรงและผลลัพธ์หลายร้อยรายการที่มีความเป็นไปได้สูงว่าผิดในการทำนายของบทความต้นฉบับ แต่ไม่ได้รับยอดเข้าชมหรือการอ้างอิงเท่าบทความต้นฉบับ
  • กรณีนี้เผยให้เห็นว่าเป็นเรื่องยากที่จะประเมินความถูกต้องของผลลัพธ์ AI ในสาขาชีววิทยา หากไม่มี ความเชี่ยวชาญเชิงโดเมนอย่างลึกซึ้ง

ทำไมการทำนายหน้าที่ของเอนไซม์จึงยาก

  • เอนไซม์เร่งปฏิกิริยาในสิ่งมีชีวิต และ หมายเลข Enzyme Commission (EC) จัดหมวดหมู่หน้าที่ของเอนไซม์หลายพันแบบเป็นลำดับชั้น
  • เมื่อมองว่า input คือลำดับกรดอะมิโนที่ประกอบเป็นโปรตีน และ output คือหมายเลข EC ปัญหานี้ดูเหมาะกับแมชชีนเลิร์นนิง
  • UniProt มีเอนไซม์มากกว่า 22 ล้านรายการพร้อมหมายเลข EC จึงนำมาใช้เป็นชุดข้อมูลฝึกขนาดใหญ่ได้
  • แต่การตัดสินหน้าที่ของเอนไซม์ไม่ได้อาศัยเพียงความคล้ายคลึงของลำดับหรือโครงสร้างก็เพียงพอ และความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการที่หน้าที่แยกออกจากกันเป็นหลุมพรางที่พบได้บ่อย

แนวทาง Transformer และผลงานที่ดูดีภายนอก

  • บทความใน Nature Communications ใช้ โมเดลดีปเลิร์นนิงแบบ Transformer เพื่อทำนายหน้าที่ของเอนไซม์ที่ก่อนหน้านี้ยังไม่ทราบหน้าที่
  • โครงสร้างโมเดลเป็นแนวทางที่นำมาจาก BERT ประกอบด้วย Transformer encoder สองชุด เลเยอร์ convolution สองชั้น และเลเยอร์เชิงเส้น
  • ทีมวิจัยตรวจสอบว่าบริเวณที่มี attention สูงมีความหมายทางชีววิทยาหรือไม่ และสรุปว่าโมเดลได้เรียนรู้ความหมายพื้นฐานและยังให้ความสามารถในการตีความได้ด้วย
  • ใช้การแบ่งชุด train/validation/test แบบมาตรฐานบนชุดข้อมูลที่มีหลายล้านรายการ และนำโมเดลไปใช้กับชุดข้อมูลที่ไม่มี ground truth เพื่อสร้างการทำนายใหม่ราว 450 รายการ
  • จากนั้นสุ่มเลือกสามรายการไปทดสอบแบบ in vitro และยืนยันว่าการทำนายนั้นถูกต้อง

ข้อผิดพลาดและรูปแบบซ้ำที่ปรากฏ

  • การวิเคราะห์ติดตามผลสรุปว่าการทำนาย “novel” หลายร้อยรายการในบทความ Nature Communications แทบจะแน่นอนว่าเป็นข้อผิดพลาด
  • บทความต้นฉบับทำผลงานได้ดีบนชุดทดสอบที่กันไว้ แต่การตรวจสอบภายหลังพบความเป็นไปได้ของ data leakage
  • จากผลลัพธ์ “novel” 450 รายการ:
    • 135 รายการมีอยู่ใน UniProt อยู่แล้ว จึงไม่ใช่ของใหม่จริง
    • 148 รายการแสดงรูปแบบผิดปกติที่หน้าที่เอนไซม์ซึ่งจำเพาะมากแบบเดียวกันถูกทำซ้ำในยีนของ E. coli สูงสุดถึง 12 ครั้ง
  • การทำซ้ำเช่นนี้ไม่น่าเป็นไปได้ในเชิงชีววิทยา และ bias, ความไม่สมดุลของข้อมูล, การขาด feature ที่เกี่ยวข้อง, ข้อจำกัดของสถาปัตยกรรม และการปรับเทียบความไม่แน่นอนไม่เพียงพอ อาจทำให้โมเดลฝืนให้ label ที่พบบ่อยในข้อมูลฝึก
  • YjhQ ถูกทำนายว่าเป็น mycothiol synthase แต่ E. coli ไม่สังเคราะห์ mycothiol
  • YrhB ถูกทำนายว่าสังเคราะห์สารประกอบชนิดหนึ่ง แต่สารประกอบดังกล่าวถูกทำนายไว้แล้วว่า QueD enzyme เป็นผู้สังเคราะห์ และ QueD mutant E. coli ไม่สามารถสังเคราะห์สารนั้นได้ จึงแสดงว่าไม่ใช่หน้าที่ของ YrhB

บทบาทของความรู้โดเมนที่กรณี yciO แสดงให้เห็น

  • yciO ซึ่งเป็นหนึ่งในตัวอย่างที่นำไปทดสอบ in vitro เป็นเอนไซม์ที่ Dr. de Crécy-Lagard ศึกษามานานกว่า 10 ปี
  • บทความต้นฉบับสรุปว่า yciO ทำหน้าที่เดียวกับ TsaC แต่งานวิจัยเดิมไม่สนับสนุนข้อสรุปนี้
  • TsaC เป็นยีนจำเป็นใน E. coli และแม้ yciO จะอยู่ใน genome เดียวกัน และแม้ yciO จะถูก overexpress ความจำเป็นของ TsaC ก็ไม่ได้หายไป
  • activity ของ yciO ที่ Kim et al. รายงานต่ำกว่า TsaC มากกว่า 4 ลำดับขนาด หรือ อ่อนกว่ามากกว่า 10,000 เท่า
  • yciO และ TsaC คล้ายกันในเชิงโครงสร้าง และ yciO วิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษของ TsaC แต่การที่หน้าที่หลากหลายขึ้นหลังการ duplication ของยีนเป็นเรื่องพบได้ทั่วไปในวิวัฒนาการของโปรตีนและเอนไซม์
  • ในการจัดจำแนกหน้าที่ของเอนไซม์ นอกเหนือจากความคล้ายคลึงเชิงโครงสร้างแล้ว หลักฐานต่อไปนี้ก็สำคัญ
    • neighborhood context ของยีน
    • การ dock ของซับสเตรต
    • การปรากฏร่วมกันของยีนในเส้นทางเมแทบอลิซึม
    • คุณลักษณะอื่น ๆ ของเอนไซม์

แยก “การกระจายหน้าที่ที่รู้แล้ว” ออกจาก “การค้นพบหน้าที่ที่ไม่ทราบจริง ๆ”

  • การระบุหน้าที่ของเอนไซม์มีปัญหาสองแบบที่ปะปนกันอยู่
    • ปัญหาการกระจาย label หน้าที่ที่รู้แล้ว ไปยังเอนไซม์ในกลุ่มหน้าที่เดียวกัน
    • ปัญหาการค้นพบหน้าที่ที่ไม่เป็นที่รู้จักจริง ๆ
  • โดยการออกแบบแล้ว โมเดลแมชชีนเลิร์นนิงแบบ supervised learning ไม่สามารถใช้ทำนายหน้าที่ของ true unknowns ได้
  • แมชชีนเลิร์นนิงอาจมีประโยชน์ในการกระจายหน้าที่ที่รู้แล้วไปยังเอนไซม์เพิ่มเติม
  • แต่ข้อผิดพลาดต่อไปนี้อาจเกิดขึ้นได้
    • ไม่สามารถกระจาย label ที่ควรกระจาย
    • กระจาย label ที่ไม่ควรกระจาย
    • ความผิดพลาดในการ curation
    • ความผิดพลาดในการทดลอง
  • หากหน้าที่ที่ผิดถูกใส่เข้าไปในฐานข้อมูลออนไลน์สำคัญอย่าง UniProt ก็อาจถูกใช้เป็นข้อมูลฝึกของโมเดลทำนายถัดไป ทำให้ข้อผิดพลาดแพร่ต่อไปมากขึ้น
  • ปัญหานี้อาจขยายตัวเมื่อเวลาผ่านไป

ผลตอบแทนที่ต่ำของงานตรวจสอบข้อมูล

  • งานสร้างโมเดล AI ได้รับรางวัลและการสนับสนุนมากกว่างานตรวจสอบข้อมูลพื้นฐานอย่างละเอียดและผสานความรู้เชิงโดเมนลึก ๆ
  • Everyone Wants to do the Model Work, not the Data Work ศึกษาผู้ปฏิบัติงานด้านแมชชีนเลิร์นนิงหลายสิบคนที่เข้าร่วมโครงการ AI ความเสี่ยงสูง และมองว่าความเชี่ยวชาญด้านโดเมนประยุกต์ที่ไม่เพียงพอเป็นหนึ่งในสาเหตุหลักของความล้มเหลวร้ายแรง
  • การประเมินผลลัพธ์ AI นอกสาขาความเชี่ยวชาญของตนเองอาจเป็นเรื่องยากมากหรืออาจเป็นไปไม่ได้
  • บทความดีปเลิร์นนิงจำนวนมากถูกอ่านในสภาพที่ผู้เชี่ยวชาญโดเมนยังไม่ได้ตรวจสอบคุณภาพของผลลัพธ์อย่างละเอียด
  • งานตรวจสอบการทำนายเอนไซม์หลายร้อยรายการอาจดูไม่หวือหวาเท่าการสร้างโมเดล AI แต่สำคัญต่อคุณภาพของผลลัพธ์มากกว่า
  • ระบบแรงจูงใจที่มุ่งเน้นวิธีแก้ปัญหา AI ที่ดูโดดเด่นอย่างไม่สมดุล อาจทำให้ต้องแลกกับผลลัพธ์ที่มีคุณภาพ

1 ความคิดเห็น

 
GN⁺ 2025-06-04
ความคิดเห็นจาก Hacker News
  • เคยเจอเรื่องคล้าย ๆ กันมาก่อน ผมลองโยน BERT ใส่ข้อมูลเอนไซม์ ดู ในการประเมินก็ดูปกติดี แต่พอเจอสภาพแวดล้อมจริงก็พังเละ นี่เป็นกรณีคลาสสิกของการ “overfit กับบรรยากาศ”
    พูดตามตรง ถ้าเป็นแค่การจำแนกประเภทแบบง่าย ๆ ผมจะเลือก SVM หรือ logistic regression ได้ทุกเมื่อ Transformer นั้นเท่ก็จริง แต่ถ้าข้อมูลไม่สะอาดมาก ๆ มันจะพูดมั่วอย่างมั่นใจ คล้ายกับให้ข้อสอบปรนัยไร้สาระแก่ GPT แล้วมันก็เลือกอะไรสักอย่างพร้อมพูดอย่างมั่นใจมาก
    ช่วงนี้เลยไปทางดึง embedding จากโมเดลใหญ่ ๆ แล้ววาง classifier ง่าย ๆ ทับอีกชั้น ทำงานได้ดีกว่า เร็วกว่า และวุ่นวายน้อยกว่า

    • Transformer ได้คะแนนเต็มใน test set แต่พอเจอความเป็นจริงก็หน้าคะมำทันที ผมเองก็เคยเต้นดีใจว่า “ว้าว accuracy 92%!” แต่สุดท้ายพบว่าแค่สร้าง pattern matcher ที่ทายลักษณะเล็ก ๆ น้อย ๆ ของชุดข้อมูลได้อย่างมั่นใจเท่านั้น
    • คุณอาจรู้อยู่แล้ว แต่วิธีเอา embedding จากโมเดลใหญ่ ๆ แล้ววาง classifier ทับนั้น ในภาพกว้างเรียกว่า transfer learning
    • ใช่ แต่ถึงอย่างนั้นมันก็ยังเป็นการใช้ Transformer ทางอ้อมอยู่ดี
    • น่าขันตรงที่คอมเมนต์นี้เองอ่านแล้วเหมือนถูกสร้างโดย Transformer หรือพูดให้ตรงคือ ChatGPT
    • เป็นคำถามคนละประเด็นนิดหน่อยนะ คุณคิดว่า SVM มีประโยชน์แค่ไหนใน production? โดยทั่วไปผมรู้สึกว่ามันช้ากว่าอัลกอริทึมอื่นมากจนไม่ค่อยคุ้มที่จะใช้
  • ก่อนจะให้ AI ทำวิจัย คงต้องให้มัน ทำซ้ำ งานวิจัยให้ได้ก่อน เช่น ให้บทความเกี่ยวกับเทคนิค deep learning บางอย่าง แล้วให้มันสร้าง implementation ของบทความนั้น
    ถ้าทำแบบนั้นไม่ได้ ก็ไม่คาดหวังว่ามันจะสร้างไอเดียใหม่ ๆ ได้

    • reproducibility คือเส้นฐาน จนกว่าโมเดลจะอ่าน เข้าใจ และ implement งานวิจัยเดิมได้อย่างถูกต้องและเสถียร คำว่า “นักวิทยาศาสตร์ AI” ก็ส่วนใหญ่ยังเป็นแค่การสร้างแบรนด์
    • OpenAI ทำ benchmark สำหรับเรื่องนี้ไว้แล้ว: https://openai.com/index/paperbench/
    • สำหรับ LLM ต้องมี audit trail ที่ครบถ้วนมาก และต้องรับประกันด้วยว่าบทความนั้นไม่ได้อยู่ใน dataset ที่ไหนเลย
      การทุจริตในวงวิชาการมีไม่บ่อย แต่ก็ใช่ว่าไม่มี LLM แค่มีช่องนิดเดียวก็สร้างข้อมูลขึ้นมาเองและโกหกได้
    • นึกว่าจะพูดว่า “ให้ส่วนต้นของบทความ หรือก็คือ prompt แก่ AI แล้วให้มันเขียนส่วนที่เหลือให้เสร็จ เพื่อทดสอบว่าสามารถสร้างวิทยาศาสตร์ที่เทียบเท่าผลวิจัยได้ไหม” ถ้าทำแบบนั้นไม่ได้ ก็ไม่คาดหวังว่ามันจะสร้างไอเดียใหม่ ๆ ได้
    • หรืออาจให้บทความที่เต็มไปด้วยสถิติจากการสังเกตการทดลอง แล้วให้มันสร้าง ข้อมูลดิบ ขึ้นมาใหม่ก็ได้
  • ได้ยินมาว่ามีนักวิจัยคนหนึ่งใช้เวลา 6 เดือนเพื่อตรวจสอบผลลัพธ์ของบทความที่ตีพิมพ์แล้ว สุดท้ายสิ่งที่ได้รับมีแค่คำว่า “ขอบคุณที่ชี้ให้เห็น”
    เขาพูดเงียบ ๆ ว่า “บางงานสำคัญไม่ใช่เพราะมันมองเห็นได้ แต่เพราะมันกันไม่ให้คนอื่นเดินไปผิดทาง”
    ผมเชื่อว่า ถ้าเราไม่แม้แต่จะมีความตั้งใจตรวจสอบอย่างระมัดระวังว่าคำทำนายตรงกับความจริงหรือไม่ ต่อให้เทคโนโลยีดูน่าประทับใจแค่ไหน มันก็เป็นเพียงภาพลวงตาชั่วครู่เท่านั้น

    • อาจไม่ได้รางวัลโนเบล แต่ในแง่ของความสำเร็จและคุณค่าที่เพิ่มให้มนุษยชาติ เขานำหน้า พนักงานบริษัท ส่วนใหญ่ไปไกลมาก หวังว่าเราจะพูดแบบนั้นได้กับงานของเราในช่วง 10 ปีที่ผ่านมาเช่นกัน
  • ส่วนที่ว่า “จากการตรวจสอบภายหลัง มีความเป็นไปได้ว่ามีข้อมูลรั่วไหล” ดูเหมือนมักถูกลืมกันไป จนกว่าจะมีหลักฐานคัดค้านที่แข็งแรงออกมา ทุกคนควรสันนิษฐานว่ามี data leakage
    ไม่ใช่หน้าที่ของผู้อ่านหรือผู้สงสัยที่จะพิสูจน์ว่ามี leakage แต่เป็นหน้าที่ของผู้เขียนที่จะพิสูจน์ว่าไม่มี
    ใน dataset ขนาดเล็ก data leakage เกิดขึ้นได้ง่าย ต่อให้เป็น dataset ที่มองดูทั้งชุดด้วยตาได้ leakage ก็ยังแทรกเข้ามาได้ง่ายมาก และมักเกิดขึ้นโดยเจ้าตัวไม่รู้ ปัจจัยละเอียดอ่อนทำให้ข้อมูลพังได้ง่าย
    ตอนนี้เราจัดการกับ dataset ขนาดมหึมาที่ไม่มีทางให้คนตรวจทั้งหมดได้ เราก็รู้ว่าวิธีกรองไม่สมบูรณ์ แล้วทำไมถึงเชื่อได้ว่าไม่มี leakage? คุณพูดได้ว่ากรองแล้ว แต่พูดไม่ได้ว่าไม่มี leakage
    ยิ่งกว่านั้น แม้ใน dataset ที่เข้าถึงได้ เราก็ยังพบการปนเปื้อนอยู่เรื่อย ๆ เท่ากับมีหลักฐานเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ว่าเรื่องแบบนี้เกิดขึ้นบ่อยจริง
    แล้วทำไมยังสันนิษฐานต่อไปว่าไม่มีการปนเปื้อน? เพราะกระแส hype หรือเปล่า? พูดตรง ๆ มันฟังเหมือนการโกหกตัวเองเพราะอยากเชื่อ เราแก้ปัญหาแบบนี้ไม่ได้ด้วยการหลอกตัวเอง

    • ทุกระบบมีปัญหา คำถามที่ดีกว่าคือ threshold ที่ยอมรับได้ อยู่ตรงไหน
      เช่น อัตราการรับสิทธิ์โดยทุจริตของ Medicare และ Medicaid อยู่ที่ 7.66% เป็นมูลค่าหลายพันล้านดอลลาร์และยังมีพื้นที่ให้ปรับปรุง แต่ก็ไม่ได้แปลว่าทั้งระบบล้มเหลว ใน 93% ของกรณี ระบบยังให้ความคุ้มครองตามที่ตั้งใจไว้
      โมเดลเหล่านี้ก็อาจเป็นแบบเดียวกัน ถ้าอัตราการปนเปื้อนอยู่ที่ 10% ทั้งระบบถือว่าแย่หรือเป็นระดับที่พอรับได้?
      [1]: https://www.cms.gov/newsroom/fact-sheets/fiscal-year-2024-im...
    • การที่ burden of proof อยู่ตรงไหน ไม่ได้เป็นเกณฑ์ชี้ขาดว่าควรเชื่ออะไร มากเท่าที่คนออนไลน์มักคิดกัน
  • สิ่งที่ผมคาดการณ์ไว้เกิดขึ้นตามนั้นเลย: https://news.ycombinator.com/context?id=44041114 https://news.ycombinator.com/context?id=41786908
    เหมือนกับคำว่า “AI เขียนโค้ดได้” ถ้าปัญหาไม่ได้อยู่ใน training set มันก็จะล้มเหลวอย่างอลังการต่อไป แต่ผู้คนก็ประหลาดใจกันทุกครั้ง

    • ฝั่ง “AI เขียนโค้ดได้” นั้น ถ้าใช้ทางอ้อมก็ไปได้ไกลพอสมควร เสริม workflow ของ software engineer ตัวจริง และใส่ guardrail อย่าง linter กับ test เข้าไป
      ส่วนยาก ๆ อย่าง architecture, design, review มันยังทำไม่ได้ แต่ส่วนที่ซ้ำ ๆ และเป็นปัญหาที่แก้ไว้แล้ว ซึ่งกินเวลาของวิศวกรส่วนใหญ่ มันเอาไปได้มหาศาล การรับประกันคุณภาพยังให้มนุษย์ทำ ดังนั้นการเพิ่ม productivity 2–5 เท่าโดยไม่เสียคุณภาพก็เป็นไปได้มาก
      แต่ถ้าไม่มีการจัดการและไม่ตรวจสอบ ก็ยังแทนงานทั้งหมดของมนุษย์คนใดคนหนึ่งได้ไม่ดีเลย ยังห่างไกลมาก
  • “ในบทความวิจัยด้านดีปเลิร์นนิงส่วนใหญ่ที่ผมอ่าน ไม่ได้มีผู้เชี่ยวชาญโดเมนมาค่อย ๆ ไล่ตรวจผลลัพธ์อย่างละเอียดเพื่อประเมินคุณภาพของเอาต์พุตเลย แล้วในบรรดาบทความที่ดูน่าประทับใจภายนอก จะมีสักกี่ชิ้นที่ทนต่อการตรวจสอบอย่างละเอียดไม่ได้?”
    จริงหรือ? ผมเคยอ่านบทความ AI ในสาขาของผมอยู่หลายฉบับ และเท่าที่รู้ผู้เชี่ยวชาญโดเมนอื่น ๆ ก็อ่านกันเยอะเหมือนกัน เพียงแต่ดูเหมือนว่างานที่อิงวิทยาการคอมพิวเตอร์/ซอฟต์แวร์โดยทั่วไปตรวจสอบได้ง่ายกว่าชีววิทยา หรือไม่ก็อาจเป็นเพราะผมแทบไม่รู้เรื่องชีววิทยาเลยก็ได้

    • การตรวจสอบป้ายกำกับทางชีววิทยาใช้เวลาเป็นปี ๆ ได้ง่าย ๆ ตัวอย่างในบทความต้นฉบับใกล้เคียงกับ ความบังเอิญครั้งใหญ่ที่โชคดี ที่มีใครบางคนทุ่มเวลาไปหลายปีแล้วกับหนึ่งในป้ายกำกับโปรตีนที่ถูกทำนายไว้
      คงไม่มีใครยอมเดิมพันอาชีพ 3–5 ปีเพื่อตรวจสอบการทำนายแบบสุ่มของโมเดลหรอก
    • การอ่านบทความ การตรวจสอบผลลัพธ์ และการรับรองความถูกต้อง เป็นคนละเรื่องกัน ผมเองก็อ่านบทความเยอะ แต่โดยปกติจะดู ข้อมูลพื้นฐาน ก็ต่อเมื่อจะนำข้อมูลนั้นไปใช้ซ้ำเพื่อวัตถุประสงค์อื่น
      พอดูแบบนั้นก็มักเจอข้อผิดพลาดของป้ายกำกับคำตอบที่ถูกต้องได้ค่อนข้างเร็ว แน่นอนว่าโมเดลส่วนใหญ่ไม่ได้มีประสิทธิภาพดีพอที่ข้อผิดพลาดแบบนี้จะส่งผลต่อผลลัพธ์มากนัก
    • ในภาษาศาสตร์ ผมรู้สึกว่าผู้คนอ่านบทความที่ใช้เทคนิคเหล่านี้ค่อนข้างละเอียดและก็มีคำวิจารณ์ออกมาด้วย แต่เพราะผู้คนไม่ค่อยถือว่า นักภาษาศาสตร์ เป็นเรื่องจริงจัง คนในสาขาที่เกี่ยวข้องจึงเมินคำวิจารณ์เหล่านั้น
  • ไม่ควรเรียก Nature Communications ว่า “Nature” อำนาจบารมีต่างกันโดยสิ้นเชิง และ altmetrics ก็ไม่ได้เกี่ยวข้องมากนัก เว้นแต่ว่าต้องการวัดกระแสความร้อนแรงในหมู่สาธารณะ

    • อัปเดต: ดูเหมือนผู้เขียนจะได้อ่านและแก้ไขแล้ว
  • สอดคล้องกับ ประสบการณ์กับ LLM อันจำกัดของผมในฐานะนักวิจัยมาก ความเข้าใจภาษาหนังสือและการเรียบเรียงประโยคที่เห็นภายนอกนั้นน่าประทับใจมาก
    แต่การไปให้ถึงคำตอบที่ดีที่สุดเท่าที่เป็นไปได้ โดยเฉพาะกับคำถามที่ยังไม่มีคำตอบนั้นเป็นคนละเรื่อง คำตอบที่ปล่อยออกมาแทบจะทันทีสำหรับคำถามที่ปกติอาจใช้เวลาครึ่งวันแล้วยังสรุปไม่ได้ มักไม่น่าพอใจเท่าไร
    คำถามที่ซับซ้อนต้องใช้เวลาในการสำรวจ จนถึงตอนนี้ LLM มีแนวโน้มจะให้คำตอบที่ดูมั่นใจ บางครั้งผิดโดยสิ้นเชิง แทนที่จะยอมรับสภาวะที่ยังหาข้อสรุปไม่ได้ แม้ในสถานการณ์ที่มันควรสรุปไม่ได้เพราะขีดความสามารถไม่พอ

  • เป็นบทความที่ยอดเยี่ยมของ Rachel Thomas
    เรื่องนี้ดูเหมือนเป็นอีกเหตุผลหนึ่งว่า เพราะดีปเลิร์นนิงพึ่งพาข้อมูลฝึกที่เป็นตัวแทนของโดเมนพื้นฐานแบบสูญเสียข้อมูลมาก สุดท้ายมันจึงทำงานได้เพียงในฐานะ การค้นคืนข้อมูลเชิงกำเนิด กล่าวคือเป็นนกแก้วเชิงสุ่มนั่นเอง
    เนื่องจากข้อมูลยีนหรือป้ายกำกับไม่ได้แทนชีววิทยาซึ่งเป็นโดเมนพื้นฐานได้อย่างสมบูรณ์เสมอไป เอาต์พุตจึงอาจเป็นเท็จ ใช้ไม่ได้ หรือไม่สมเหตุสมผล
    ในกรณีที่ทำงานได้ดีมาก มักมี data leakage เพราะ LLM โดยการออกแบบแล้วเป็นเครื่องมือค้นคืนข้อมูล มองจากมุมทฤษฎีสารสนเทศ ในโมเดลใด ๆ ย่อมมี “สิ่งที่ไม่รู้ว่าตัวเองไม่รู้” ในระดับพื้นฐานอยู่
    ข้อสรุปของผมคือ มันใกล้เคียงกับความผิดของ ชุดข้อมูลฝึก มากกว่าความผิดของอัลกอริทึม
    มนุษย์ทำงานในขอบเขตภาษาธรรมชาติได้อย่างยืดหยุ่น และแม้แต่เด็กก็อ่านและประเมินได้ว่าข้อความสมเหตุสมผลหรือไม่ นี่อธิบายความสำเร็จของโมเดลที่ฝึกด้วยการประมวลผลภาษาธรรมชาติ
    แต่ในสาขาที่ข้อมูลฝึกเป็นตัวแทนของโดเมนพื้นฐานแบบมีการสูญเสียข้อมูล ก็หลีกเลี่ยงไม่ได้ที่จะไม่สมบูรณ์

    • ปฏิทรรศน์ของ LLM สมัยใหม่อยู่ตรงที่มันไม่ได้แทนโดเมนพื้นฐานโดยตรง แต่สามารถแทนข้อมูลที่นำเสนอเป็นข้อความได้ ดังนั้นมันจึงแทน ข้อมูลบางอย่าง ได้ แต่สิ่งนั้นคืออะไรกันแน่และถูกแทนอย่างไรนั้นไม่ได้ชัดเจนเสมอไป
      embedding space สามารถแทนความสัมพันธ์ระหว่างคำ ประโยค และย่อหน้าได้ และสิ่งเหล่านี้อาจบรรจุข้อมูลเกี่ยวกับโดเมนพื้นฐานอยู่ ดังนั้นเมื่อสืบค้นความสัมพันธ์นั้นผ่านข้อความ จึงได้คำตอบที่ดูสมเหตุสมผล ปัญหาคือข้อความเป็นวิธีเข้ารหัสที่ยุ่งเหยิง ทำให้ไม่ชัดเจนเสมอว่าความสัมพันธ์นั้นแทนอะไร
      จุดอ่อนอีกอย่างคือความเป็นเชิงกำเนิด เพื่อทำให้เป็นเชิงกำเนิด แทนที่จะ hardcode คำถามและคำตอบที่เป็นไปได้ทั้งหมดไว้ในฐานข้อมูล มันผลักข้อมูลบางส่วนไปให้อัลกอริทึม นั่นคือการทำนายโทเคนถัดไป ผลคือสามารถถามคำถาม/พรอมป์แบบไม่แม่นยำแต่เป็นเชิงความน่าจะเป็นได้ และเกิดข้อดีคือถามอะไรก็ได้
      แต่อัลกอริทึมเดี่ยวใด ๆ ก็ไม่สามารถเข้ารหัสคำตอบที่เป็นไปได้ทั้งหมดสำหรับคำถามที่เป็นไปได้ทั้งหมดในโดเมนหนึ่งได้อย่างถูกต้อง ดังนั้นความละเอียดแม่นยำของข้อมูลบางส่วนจึงสูญเสียไป ผมมอง LLM ปัจจุบันแบบนี้
    • แม้จะลดทอนการถกเถียงให้ง่ายลงและสมมติว่าคำกล่าวว่า LLM คือ การค้นคืนข้อมูลเชิงกำเนิด นั้นถูกต้องเต็มที่ LLM ก็ยังจะคงอยู่ต่อไป
      ลองคิดดูว่านักพัฒนาระดับจูเนียร์ที่ต่ำกว่าค่าเฉลี่ยหรือระดับเฉลี่ยทำงานอย่างไรในการเขียนโปรแกรม พวกเขา “ค้นหา” ข้อมูลแก้ปัญหาจาก Stack Overflow หรือ tutorial
      การมอบเครื่องมืออัตโนมัติ AI ที่ทำมาอย่างดีให้กับนักพัฒนาทุกคน ก็คล้ายกับการมีนักพัฒนาจูเนียร์หนึ่งคนคอยรับมอบงานน่าเบื่อและเรียบง่ายให้แต่ละคน โดยไม่ต้องกังวลว่าจูเนียร์จะไม่เติบโตเพราะติดแต่งานง่าย ๆ หากมีเครื่องมืออย่าง static code analysis และ test พร้อมเพียงพอ เครื่องมือ AI ก็น่าจะทำวงจรทำงาน รันเครื่องมือ แก้ปัญหา ได้ค่อนข้างดี
      ราคาของเครื่องมือนั้นน่าจะราว 1/30 ของต้นทุนนักพัฒนาจูเนียร์ไม่ใช่หรือ? ถ้าเช่นนั้นเราก็มีเวลาให้กับงานสำคัญมากขึ้น รวมถึงการสอนนักพัฒนาจูเนียร์ตัวจริงด้วย
      ผมยังไม่คิดว่า AI ไปถึงจุดนั้นอย่างสมบูรณ์แล้ว แต่โมเดลพื้นฐานในปัจจุบันก็อาจเพียงพอที่จะไปถึงตรงนั้นได้ หากเชื่อมต่อและประกอบใช้อย่างถูกต้อง
    • ผมสงสัยว่า กระบวนการคิด ที่นำไปสู่สถานการณ์ที่ Rachel Thomas อธิบายนั้น ใช้ได้กับสาขาอื่นในระดับหนึ่งด้วยหรือไม่ เป็นบทความสำคัญและผมเห็นด้วย
  • ชี้ให้เห็นหนึ่งในปัญหาหลักของวัฏจักรการโฆษณาเกินจริงของ AI ในปัจจุบันได้ดี เรากำลัง optimize ความสนใจ ไม่ใช่ความถูกต้อง
    และนี่ไม่ใช่ปัญหาเฉพาะชีววิทยา ในการประยุกต์ใช้ machine learning ในหลายสาขา ตั้งแต่วิทยาศาสตร์ภูมิอากาศ กฎหมาย ไปจนถึงการแพทย์ ก็เห็นรูปแบบคล้ายกัน