วิธีทำการจัดลำดับ DNA ของฉันด้วยงบไม่เกิน $2,000

 (maxlangenkamp.substack.com)
1 คะแนน โดย GN⁺ 2025-10-20 | 1 ความคิดเห็น | แชร์ทาง WhatsApp
  • ต้นทุนการจัดลำดับ DNA กำลังลดลงเร็วกว่า กฎของมอร์ อย่างต่อเนื่อง
  • ด้วย Oxford Nanopore MinION คุณสามารถจัดลำดับ DNA ที่บ้านได้ด้วยประมาณ $1,100
  • ในการทดลองจริงมีการผ่านขั้นตอนเช่น การเจาะเลือด การสกัด DNA และการจัดลำดับด้วยนาโนพอร์
  • โดยรวมแล้วได้ครอบคลุมเพียง ประมาณ 13% ของจีโนมทั้งหมด และการวิเคราะห์ถูกจำกัดด้วยการปนเปื้อนและข้อบกพร่องของอุปกรณ์
  • อย่างไรก็ตามยังได้ ประสบการณ์ที่มีความหมาย ในการจัดลำดับ DNA บางส่วนด้วยต้นทุนที่ต่ำ

บทนำ

  • ต้นทุนการจัดลำดับ DNA ลดลง อย่างรวดเร็ว จนการถอดรหัสจีโนมมนุษย์ที่เคยใช้เวลา 13 ปี และ 2.3 พันล้านดอลลาร์ในอดีต สามารถลองทำเองได้ภายใน 48 ชั่วโมง ด้วยอุปกรณ์ Oxford Nanopore (ราว $1,000) เท่านั้น
  • ในอดีตมักต้องส่งตัวอย่างให้กับผู้ให้บริการบุคคลที่สามที่ไม่น่าเสถียร แต่ในบทความนี้มีการพยายามจัดลำดับในสภาพแวดล้อมที่ไม่มีห้องแล็บของตนเอง

ภาพรวมกระบวนการจัดลำดับ DNA

  • เป้าหมายคือการได้ลำดับจีโนมของมนุษย์จาก เลือด 10 ml ซึ่งประกอบด้วย A, C, G, T (ประมาณ 3 พันล้านตัว)
  • สรุปขั้นตอนทั้งหมด
    • การเจาะเลือด
    • การ สกัด DNA ของมนุษย์ จากเลือด
    • นำ DNA ที่สกัดได้ผ่านอุปกรณ์ของ Oxford Nanopore แบบ ไฟฟ้า เพื่ออ่านเบสแต่ละตัว

ประวัติย่อของการจัดลำดับ DNA

  • ยุค Sanger (1960~2003): อิงระบบอะนาล็อก จัดการแบบแมนนวล และดำเนินการอย่างช้ามาก
    • ใช้ นิวคลีโอไทด์ ที่มีข้อบกพร่องเพื่อหยุดการทำซ้ำ DNA แล้วแยกชิ้นส่วนแต่ละชิ้นด้วยไฟฟ้า และอ่านเหมือนบาร์โค้ด
    • ใช้เวลา 13 ปี และ 2.3 พันล้านดอลลาร์ในการถอดรหัสจีโนมมนุษย์
  • ยุค Illumina (2005~2010s): การทำงานแบบขนานและอัตโนมัติ
    • นำเข้าการจัดลำดับด้วยการสังเคราะห์ ทำให้ความเร็วในการประมวลผลและประสิทธิภาพดีขึ้นอย่างมาก
  • ยุคการจัดลำดับโมเลกุลเดี่ยว:
    • อ่าน เบส DNA โดยตรงผ่านนโนพอร์ไฟฟ้า โดยไม่จำเป็นต้องตัดชิ้น DNA เป็นชิ้นเล็กๆ
    • การทดลองครั้งนี้ก็ใช้วิธีนี้

อุปกรณ์และต้นทุนที่ต้องใช้

  • ชุดเริ่มต้น Oxford Nanopore MinION ($1,000): เครื่องจัดลำดับแบบ USB, รวมถึง flow cell และสารเคมีสำหรับการเตรียม
  • ชุดสกัด DNA ของ Zymo (ตัวอย่างฟรี)
  • เครื่องปั่นเหวี่ยงแบบขนาดเล็ก (Amazon, $50)
  • อุปกรณ์สิ้นเปลืองสำหรับการทดลอง (หลอด eppendorf, lancet, pipette ฯลฯ, $50)
  • ต้นทุนรวมประมาณ $1,100

รายละเอียดขั้นตอนการทดลอง

Step 1: การเจาะเลือด

  • ต้องการเลือดราว 200㎕ (0.2 ml) ปริมาณจาก lancet ขนาดเล็กไม่เพียงพอ จึงต้องเจาะนิ้วซ้ำๆ เพื่อเก็บเลือด

Step 2: การสกัด DNA

  • เลือดมีสิ่งปนเปื้อนจำนวนมาก โดยเฉพาะเม็ดเลือดแดงที่แทบไม่มี DNA
  • ต้องแยกเฉพาะ DNA จากเม็ดเลือดขาว โดยใช้เอนไซม์และฟิลเตอร์ปั่นเหวี่ยงของชุด Zymo ในการดำเนินการ
  • ทำตามขั้นตอนการติดอะแดปเตอร์ของ ชุดเตรียม Nanopore ด้วยเช่นกัน

Step 3: การจัดลำดับด้วย Nanopore

  • ฉีด DNA ที่เตรียมแล้วเข้าไปยังพอร์ตเล็กของ MinION แล้วเชื่อมต่อด้วย USB
  • ซอฟต์แวร์ MinKNOW ทำการ basecalling แบบเรียลไทม์ โดยคาดการณ์ A, T, C, G จากสัญญาณไฟฟ้าด้วยอัลกอริทึมเครือข่ายประสาท

ผลลัพธ์และข้อจำกัด

  • ประสบความสำเร็จในการจัดลำดับข้อมูลราว 1 กิกะเบสสองครั้ง (ประมาณ 13% ของจีโนมมนุษย์ทั้งหมด 3 พันล้านเบส)
  • การทดลองครั้งที่หนึ่งหยุดลงเนื่องจากข้อผิดพลาดของฮาร์ดแวร์ และพบความผิดปกติของ flow cell (จาก 2,048 พอร์มีเพียง 623 พอร์ที่ทำงาน)
  • พบการปนเปื้อนจากแบคทีเรียและสิ่งอื่นๆ ถึง 25%
  • สำหรับการวิเคราะห์ SNP (การกลายพันธุ์เดี่ยวตัวอักษร) จำเป็นต้องจัดลำดับซ้ำหลายครั้ง แต่ข้อมูลส่วนใหญ่ถูกอ่านเพียงครั้งเดียวโดยไม่มีการซ้ำซ้อน
  • อย่างไรก็ตามการใช้งบประมาณเพียง $1,100 ก็ยังทำให้ได้รับ ประสบการณ์การจัดลำดับจีโนมมนุษย์บางส่วนที่มีความหมาย

คำกล่าวขอบคุณ

  • มีการขอบคุณเพื่อนๆ ที่ร่วมมือในการทดลองครั้งนี้

บทความที่เกี่ยวข้อง

1 ความคิดเห็น

 
GN⁺ 2025-10-20
ความคิดเห็นใน Hacker News

  • เรายังพูดได้ไม่เต็มปากว่าเข้าสู่ "ยุคของการจัดลำดับแบบ nanopore" แล้ว และการจัดลำดับแบบ synthesis-based ก็ยังคงเป็นกระแสหลักอยู่

    • ต้องตัดจีโนมออกเป็นชิ้นเล็ก ๆ แล้วประกอบกลับขึ้นใหม่โดยอิงจากชิ้นเหล่านั้น ซึ่งกระบวนการนี้ก่อให้เกิดปัญหาหลายอย่าง
    • การจัดลำดับแบบ nanopore มีอัตราความผิดพลาดสูง จึงยังคงใช้วิธีแบบ synthesis-based ในงานคลินิกอยู่เป็นหลัก (โดยเฉพาะ Illumina ที่มีความโดดเด่นทางเทคนิคมากในช่วง 10 ปีที่ผ่านมา)
    • ถึงอย่างนั้น อุปกรณ์ nanopore ก็มีเสน่ห์เพราะมีขนาดเล็กและราคาถูก และอัตราความผิดพลาดก็พอชดเชยได้ระดับหนึ่งด้วยการจัดลำดับซ้ำ
    • ถ้าใช้บริการจากผู้ให้บริการที่น่าเชื่อถือด้วยเทคโนโลยีแบบ synthesis-based ก็สามารถจัดลำดับจีโนมทั้งหมดที่ความครอบคลุม 30x ได้ในราคาไม่เกิน 1,000 ยูโรหรือดอลลาร์ ฉันเคยเห็นแบบ 180 ดอลลาร์เหมือนกัน แต่ไม่แน่ใจเรื่องความน่าเชื่อถือ
    • ถ้าเป็นจีโนมมนุษย์ทั้งชุด nanopore อาจยังเร็วเกินไปในตอนนี้ แต่ถ้าเป็นงานอย่างการจัดลำดับพลาสมิด มันมีประโยชน์มากอยู่แล้ว
      • ต่อให้ไม่ได้อยู่ในวงการ แค่เอาหลอดตัวอย่างไปฝากไว้ที่มหาวิทยาลัย ฉันก็รับผลทางอีเมลในเช้าวันถัดไปได้ในราคา 15 ดอลลาร์ ทั้งหมดนี้เกิดขึ้นได้เพราะ workflow แบบ nanopore
    • อัตราความผิดพลาดอาจชดเชยได้ด้วยการจัดลำดับซ้ำ แต่บางครั้งข้อผิดพลาดก็มีความสัมพันธ์กัน
    • โดยรวมแล้ว การจัดลำดับแบบอ่านสั้นคุ้มค่ากว่ามาก สตาร์ตอัปของเราก็ใช้ Illumina ทำ QC ของ cell line และเสียแค่ 260 ดอลลาร์
    • วิธีจัดลำดับขึ้นอยู่กับเป้าหมาย ที่ NAO เราใช้ flow cell ขนาดใหญ่ของ Illumina (25B) เพื่อจัดลำดับไวรัสหลายชนิดในน้ำเสียแบบต้นทุนต่ำ
      • แต่ถ้าเป็นตัวอย่างอย่าง nasal swab ที่มีไวรัสเป้าหมายอยู่มาก nanopore จะเหมาะกว่าเพราะอ่านได้ยาวและมี Run Cost ต่ำ
    • งานจัดลำดับทางคลินิกสำหรับ short read นั้นพัฒนามาดีพออยู่แล้ว จึงไม่มีเหตุผลที่ nanopore ต้องมาแทนที่สิ่งนี้
    • อนาคตของงานคลินิกอยู่ที่การตรวจจับความแปรผันขนาดกลางถึงใหญ่ ซึ่งด้านนี้ยังไม่ถูกทำความเข้าใจดีนัก ทำให้ nanopore ถูกใช้มากทั้งในงานวิจัยและการวินิจฉัยโรคหายาก
    • SBS (synthesis-based sequencing) เชื่อถือได้มาก แต่การมีส่วนแบ่งตลาดสูงไม่ได้แปลว่าความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีหยุดไปแล้ว
      • นวัตกรรมด้านการจัดลำดับกำลังเกิดขึ้นใน ML, การวิเคราะห์ RNA-DNA พร้อมกัน, และการผสาน long/short read เป็นต้น
    • ที่จริงแม้แต่ห้องแล็บวินิจฉัยก็เริ่มใช้เทคโนโลยี nanopore มากขึ้นเรื่อย ๆ เพราะต้นทุนในขั้นตอนเตรียมถูกกว่าและให้ความไวระดับ qPCR ได้ด้วย
      • นอกจากนี้ยังให้ข้อมูลที่หลากหลายกว่า เช่น methylation
      • ช่วงหลังมีงานวิจัยเกี่ยวกับการจัดประเภท acute leukemia ด้วย nanopore ด้วย ต้นฉบับงานวิจัย
      • แม้เวลาอาจถูกพูดเกินจริงไปบ้าง แต่สิ่งสำคัญสำหรับการวินิจฉัยคือมัน "ใช้งานได้จริง"

  • ฉันว่าคอนเซปต์นี้ (ในบทความ) น่าสนใจ แต่ก็ผิดหวังเล็กน้อยกับปัญหาอุปกรณ์และการที่ลองครั้งเดียวแล้วเลิกทันที

    • เขาบอกว่าบน flow cell มีรูที่ใช้งานได้ตั้งแต่ต้นแค่ 623 รู เลยสงสัยว่านี่เป็นเรื่องที่เกิดขึ้นตามปกติหรือไม่ และอยากหาตัวอย่างที่มีการลองทำอย่างจริงจังมากกว่านี้
    • จริง ๆ ฉันก็เคยลองคล้าย ๆ กัน ใช้น้ำลายแทนเลือด และสกัด DNA ด้วยชุดคิทของ Qiagen
      • flow cell nanopore ของฉันแทบทุกช่องทำงานได้ดี น่าจะเป็นไปได้ว่ากรณีในบทความมีปัญหาเรื่องการเก็บรักษา
    • จำนวนรูที่ active อาจต่างกันตามการจัดการ จากประสบการณ์ของฉัน sample prep มีผลให้เกิดรูที่ไม่ active จำนวนมากได้
      • ถ้าเตรียมตัวอย่างไม่ดี รูอาจอุดตันหรือมี activity ลดลง
      • ตอนเคยวิเคราะห์ข้อมูล Oxford Nanopore ฉันพบว่าคุณภาพต่างกันมากตามฝีมือในการเตรียมตัวอย่าง ถึงขั้นดูจากข้อมูลอย่างเดียวก็พอเดาได้ว่าเพื่อนร่วมงานคนไหนเป็นคนเตรียม
      • ฉันเดาว่าคุณภาพตัวอย่างที่ผู้เขียนเตรียมใน ‘โรงรถ’ น่าจะไม่ดีนัก
      • อ้างอิงเพิ่มเติม เพื่อนร่วมงานของฉันคนหนึ่งเคยสร้างห้องแล็บจัดลำดับแบบเคลื่อนที่ที่ใช้ไฟจากรถยนต์
      • คอขวดทางเทคนิคที่ใหญ่ที่สุดที่เขาเจอก็คือการเตรียมตัวอย่าง ไม่ใช่เรื่องคอมพิวต์
    • การมีรู active น้อยไม่อาจเรียกว่า "ปกติ" ได้ แต่ก็เป็นปรากฏการณ์ที่เกิดขึ้นค่อนข้างบ่อย
      • จากประสบการณ์ทำงาน NGS ของฉัน flow cell ทั้งหมดราว 1 ใน 4 มีปัญหา และ ONT ก็เคยมีนโยบายเปลี่ยนถ้าเซลล์ไม่ผ่าน self-test
    • แล้วแต่ตัวอย่าง แต่โดยทั่วไปมักมีรู active มากกว่า 1,200 รู และอย่างน้อยก็ควรการันตี 800 รู
      • เพราะงั้นกรณีนี้ก็น่าจะลองขอคืนเงินได้
    • สิ่งที่น่าสนใจของกรณีนี้คือมันแสดงให้เห็นว่า "ถ้าลองทำจริงจะเกิดอะไรขึ้น"
      • ฉันมีประสบการณ์เล็กน้อยกับ genealogical genomics เลยคาดไว้แล้วว่าน่าจะมีปัญหาทางเทคนิคเยอะ

  • ผู้ให้บริการอย่าง Nebula หรือ Dante เสนอ whole-genome sequencing ที่ความครอบคลุม 30x หรือ 100x ได้ในราคาประมาณ 300 ดอลลาร์

    • จริง ๆ แล้วจีโนมราคา 1,000 ดอลลาร์เกิดขึ้นได้ตั้งแต่ 10 ปีก่อนแล้ว
    • ฉันเคยดู Nebula อยู่ แต่ตอนนี้กำลังโดน class action จากข้อกล่าวหาว่าส่งต่อข้อมูลจีโนมให้ Meta, Microsoft และ Google
      • ใน subreddit ก็มีหลายกรณีที่ส่งคิทไปแล้วหลายปียังไม่ได้ผลลัพธ์กลับมา
      • ยังมีปัญหาเรื่องคุณภาพการจัดลำดับ อัตรา false positive ของข้อมูลจีโนมแบบ DTC (direct-to-consumer) ฯลฯ และ 23andMe ก็เคยมีเรื่องคล้ายกัน เลยทำให้ฉันไม่อยากส่งจีโนมให้บริษัทเอกชน
    • ราคาต่ำสุดของ whole-genome sequencing จาก DanteLabs ตอนนี้อยู่ที่ 399 ยูโร (466 ดอลลาร์) ลิงก์สินค้า DanteLabs
    • ในราคา 2,000 ดอลลาร์นั้นรวมทั้งอุปกรณ์สกัด DNA และตัว sequencer เอง ส่วนเครื่องที่บริการอย่าง Nebula ใช้นั้นมีแนวโน้มว่าจะเป็นอุปกรณ์ราคามากกว่า 1 ล้านดอลลาร์
      • ถ้าอยากให้ถูกลงอีก แทน WGS ก็อาจใช้ exome sequencing หรือในบางกรณีก็ใช้แค่ genotyping แบบง่าย ๆ ได้
      • อาจมีบริษัทที่ทำ WGS ได้ในราคา 100 ดอลลาร์อยู่แล้วก็ได้
    • ถึงอย่างนั้น โดยพื้นฐานแล้วก็เท่ากับว่าจะมีใครบางคน (บริษัท) ได้สิทธิครอบครองข้อมูลจีโนมของฉัน
      • ภายใต้ข้ออ้างเรื่องผลประโยชน์อันชอบด้วยกฎหมาย พวกเขาอาจทำอะไรก็ได้ และความเสี่ยงที่บริษัทจะถูกแฮ็กหรือถูกขายต่อก็เป็นเรื่องจริงที่เกิดขึ้นมาแล้ว
    • ตัวเลข 1,000 ดอลลาร์นั้นเป็น "ราคาแบบประหยัดจากขนาด"
      • เป็นระดับราคาที่เป็นไปได้เมื่อประมวลผลปริมาณมากเกินระดับหนึ่ง

  • ที่ mynucleus.com สามารถทำ whole-genome sequencing ได้ในราคา 500 ดอลลาร์จากการป้ายกระพุ้งแก้มเท่านั้น (ใช้โค้ดส่วนลด savraj10 ลดได้ 10%)

    • ไม่ต้องใช้เลือด มีการประเมินความเสี่ยงโรคมากกว่า 2,000 ชนิด และถ้าคู่สมรสตรวจด้วยก็สามารถคาดการณ์บุตรในอนาคตได้
    • มีข่าวการลงทุนใหม่กำลังจะประกาศเร็ว ๆ นี้ รองรับการดาวน์โหลดข้อมูลดิบ และระบุว่าปฏิบัติตามมาตรฐานความปลอดภัย SOC2 และ HIPAA
    • ในอีกด้านหนึ่ง ฉันสงสัยว่าถ้า Nucleus ล้มละลายเหมือนกรณีข้อมูลส่วนตัวรั่วไหลของ 23andMe จะป้องกันไม่ให้ข้อมูลจีโนมถูกขายให้บุคคลที่สามได้อย่างไร
      • บนหน้าเว็บดูไม่ค่อยเห็นจุดขายด้าน data privacy อย่างชัดเจน
      • Nucleus เองก็อ้างว่า "ไม่ขายข้อมูล" แต่ 23andMe ก็เคยพูดแบบนั้น
      • ในความเป็นจริง บริษัทใด ๆ ก็ยากจะให้ความเชื่อมั่นเต็มร้อยในเรื่องนี้
      • การมอบจีโนมให้ Nucleus เพียงเพราะประหยัดได้ 3,000 ดอลลาร์ เป็นเรื่องที่ควรคิดให้รอบคอบ
    • สำหรับฉัน ภาระใจไม่ได้อยู่ที่การจัดลำดับจีโนมของตัวเอง แต่อยู่ที่การต้องฝากความไว้วางใจไว้กับบุคคลที่สามมากกว่า
      • ความครอบคลุม 13% ที่บทความพูดถึงนั้นใช้ทำการวิเคราะห์จีโนมอะไรก็แทบไม่ได้ ชื่อเรื่องจึงเกินจริงไป
    • ฉันสงสัยว่ามันได้ coverage จริง ๆ เท่าไร
    • น่าทึ่งที่บริการซึ่งเมื่อก่อนแพงมากหรือคนทั่วไปใช้ไม่ได้ ตอนนี้เหลือเพียง 500 ดอลลาร์
    • สงสัยว่าจ่ายด้วย Monero ได้ไหม

  • ฉันใช้ Nebula (ตอนนี้รีแบรนด์และแพงขึ้นแล้ว) จัดลำดับจีโนมให้คนในครอบครัวด้วย และขั้นตอนก็ง่ายพอสมควร

    • ด้วยแพ็กเกจ "Lifetime" ฉันเก็บไฟล์ FASTQ ไว้ใน R2 bucket ส่วน Nebula ราคา 250 ดอลลาร์และมีค่าสมาชิกรายเดือน 50 ดอลลาร์ แต่ยกเลิกได้ทันที
    • ไฟล์ VCF ของฉันดูได้ ที่นี่
      • คุณสามารถเอาไปให้ LLM วิเคราะห์ความแปรผันเฉพาะตัว (rs104894396) หรือค้นดูใน SNPedia ก็ได้
    • ฉันกับภรรยาเคยทำ carrier screening จริงด้วย แต่ใช้วิธีอื่นที่ไม่ใช่ Nebula
      • พบว่าทั้งคู่เป็นพาหะของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสูญเสียการได้ยินซึ่งเชื่อมโยงกับยีน GJB2 เราจึงจัดลำดับตัวอ่อนของลูกด้วยและได้มีลูกที่แข็งแรง
    • ถ้าอยากดูตัวอย่างข้อมูลจีโนมจริง ก็ใช้ข้อมูลของฉันเป็นไฟล์ทดสอบได้เลย (ฉันเป็นผู้ชาย จึงดูความแปรผันบน chrY ได้ด้วย)
    • ฉันก็เคยใช้ Dante และอยากลองเทียบผลจากสองบริษัทนี้เหมือนกัน
      • Dante ใช้วิธีเชื่อม sequence กับผู้ใช้ต่างออกไป เลยใช้งานไม่สะดวก (ต้องเก็บโค้ดแยกไว้)
      • ฉันส่งคำถามไปก็ไม่ได้รับคำตอบเลย จึงไม่รู้ว่าพวกเขาบริหารจัดการกันอย่างไร
    • เทคโนโลยี nanopore น่าสนใจจริง ๆ แต่ฉันก็เห็นใน Twitter ว่ามีประเด็นเรื่องการควบคุมคุณภาพของอุปกรณ์
      • สักวันหนึ่งฉันอยากลองเทียบกับจีโนมของลูกสาวด้วย
    • เรื่องที่น่าสนใจก็คือ คุณมี CYP11B1 rs4541(g;a) อยู่ ซึ่งอาจหมายความว่าคุณไม่ชอบชะเอมเทศ
      • และยังมี CYP17A1 −34 T>C, rs743572(A;G) ด้วย
      • เมื่อรวมยีนทั้งหมดเข้าด้วยกัน ก็อาจแสดงลักษณะทางกายภาพหรือพฤติกรรมได้หลากหลาย
      • เช่น อาจมีแนวโน้มเป็นคนตัวเล็ก วิตกกังวล สิวในวัยรุ่น เวียนศีรษะเมื่อลุกยืน ความอยากเกลือ หรือปัญหาการนอน
      • อาจมีแนวโน้มขาดวิตามิน D, แมกนีเซียม, วิตามินกลุ่ม B ซึ่งนำไปสู่อาการทางกายและระบบประสาทได้หลายแบบ (TMJ, ตะคริวกล้ามเนื้อ, สายตาสั้น ฯลฯ)
      • ยังอาจอนุมานได้ถึงความชอบเกมกระดานเชิงกลยุทธ์ ความน่าจะเป็นที่จะถนัดซ้าย สติปัญญา รูปแบบการนอน หรือพรสวรรค์ด้านการมองเห็นจากยีนบางตัว
      • แต่ความแปรผันทางพันธุกรรมเพียงตัวเดียวอธิบายภาพรวมทั้งหมดไม่ได้ และควรปรึกษาแพทย์ก่อนปรับอาหารหรือวิถีชีวิตเสมอ (ฉันไม่ใช่แพทย์ เป็นโปรแกรมเมอร์ที่สนใจชีววิทยาและจีโนมเป็นงานอดิเรก)
    • ฉันอยากรู้จริง ๆ ว่าทำไมคุณถึงใจกว้างกับการเปิดเผย DNA ทั้งชุดของตัวเองขนาดนี้

  • น่าเสียดายที่ตอนนี้ MinION Starter Kit ราคา 1,000 ดอลลาร์เลิกขายไปแล้ว และลิงก์ในบทความก็กลายเป็น 404

    • ตอนนี้ผลิตภัณฑ์ MinION ที่รวม flow cell เริ่มต้นที่ 4,950 ดอลลาร์

  • ถ้าจะทำ DNA sequencing เว้นแต่จะซื้ออุปกรณ์มาและจัดการทุกอย่างเองแบบออฟไลน์ทั้งหมด ไม่อย่างนั้นอย่าทำเลย

    • มันไม่ใช่แค่เสี่ยงกับข้อมูลจีโนมของฉันเอง แต่ยังสร้างความเสี่ยงที่อาจส่งผลกับลูกหลานในอนาคตและเครือญาติทางสายเลือดทั้งหมดด้วย
    • ความร้ายแรงของกรณีเลวร้ายที่สุดนั้นเกินกว่าที่คนส่วนใหญ่จะจินตนาการ
      • แถมความสามารถในการทำนายสุขภาพก็แทบไม่มีเลยหากไม่มีข้อมูล epigenetic
      • ตรงกันข้าม มันอาจส่งผลเสียต่อสุขภาพผ่านความกังวลหรือ nocebo effect ได้
      • ในทางปฏิบัติ มันมีประโยชน์แค่สำหรับการยืนยันการวินิจฉัยของแพทย์ และวิธีนี้ปลอดภัยกว่า

  • วิธีใช้กาต้มน้ำไฟฟ้าแทน PCR (thermocycler) นั้นตลกดี

    • เมื่อก่อนก็เคยมีช่วงที่ขยาย DNA กันด้วยวิธีแบบนี้ โดยสลับใช้ภาชนะน้ำร้อน
    • ถ้าสกัดเฉพาะเม็ดเลือดขาวจากเลือดมาจัดลำดับ ผลก็น่าจะดีกว่านี้ แต่ด้วย blood lancet และอุปกรณ์จิ๋วมันไม่ง่าย
      • ตอนเรียนปฏิบัติการชีววิทยาเบื้องต้นช่วงต้นทศวรรษ 2010 ฉันเคยทำ PCR แบบแมนนวลด้วยการสลับอ่างน้ำและใช้นาฬิกาจับเวลาแบบไข่
      • หลังจากนั้นพอได้ใช้ thermocycler จริง ก็ยิ่งรู้สึกถึงคุณค่าของอุปกรณ์นี้มากขึ้น

  • ฉันอยากเห็นข้อมูลหลังจากกราฟ (2001~2015) ที่บอกว่าค่า sequencing ลดลงเร็วกว่ากฎของมัวร์

    • ตอนนี้เห็นแต่กราฟที่มีถึงแค่ปี 2021 และดูเหมือนว่าหลังปี 2015 ความก้าวหน้ากลับช้าลง
    • ถ้า nanopore มีความน่าเชื่อถือมากขึ้น ก็อาจเกิดการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่อีกครั้งได้
    • กราฟเริ่มที่ปี 2001 แต่ฉันเคยมีส่วนร่วมพัฒนา sequencer แบบ thin-film electrophoresis ที่ EMBL ช่วงกลางยุค 90
      • ตอนนั้นทำได้สูงสุดแค่หลักหลายร้อยเบสต่อวัน
    • ดูเหมือน NHGRI จะอัปเดตกราฟนี้ต่อเนื่อง แต่หยุดไปหลังปี 2022 เพราะปัญหาเงินทุน
      • มองดี ๆ แล้ว ภายใน 5 ปีข้างหน้าเราอาจได้เห็นยุคจีโนม 100 ดอลลาร์ก็ได้

  • Dante กับ Nebula ชื่อเสียงไม่ค่อยดี และ ySeq ก็ต้องรอ 8 เดือน

    • อุปกรณ์ nanopore ที่ใช้ในบทความนี้ก็ทำงานไม่ถูกต้องอีก
    • ในยุโรปปี 2025 การจะไปจัดลำดับจีโนมของตัวเองดูไม่ใช่เรื่องง่ายเลย